W obecnej chwili trwają intensywne prace mające na celu zagwarantowanie stabilnego finansowania programu w perspektywie lat kolejnych, a także prowadzone są konsultacje mające usprawnić funkcjonowanie programu. Rozpoczęto rozmowy z Bankiem Światowym i organizacjami pozarządowymi w celu zwiększenia efektywności działania programu.
Ministerstwo Klimatu i Środowiska podjęło obszerne konsultacje w celu doskonalenia Programu Czyste Powietrze. Spotkanie to zorganizowano z udziałem przedstawicieli Komisji Europejskiej, Banku Światowego, Fundacji Instrat, Instytutu Ochrony Środowiska, Polskiego Alarmu Smogowego oraz minister Pauliny Hennig-Kloski, wiceminister Urszuli Zielińskiej i przedstawicieli NFOŚiGW i WFOŚiGW w Katowicach.
Nowa administracja Rzeczypospolitej Polskiej podziela cele unijnej polityki dotyczącej poprawy jakości powietrza i podejmuje działania w celu stworzenia odpowiednich narzędzi. Zawieszenie wypłat w Programie Czyste Powietrze pod koniec 2023 roku było konsekwencją braku finansowania ze strony poprzedniego rządu. Minister Hennig-Kloska podkreśla, że od stycznia wypłaty zostały wznowione, a obecnie skoncentrowano się na zapewnieniu stabilnego finansowania na przyszłe lata.
Finansowanie Programu Czyste Powietrze w najbliższej przyszłości będzie oparte na środkach Krajowego Planu Odbudowy oraz funduszach europejskich przeznaczonych na infrastrukturę klimatyczną i środowiskową. To jedne z największych programów finansowanych w ramach Unii Europejskiej. Minister Hennig-Kloska zapewnia, że nowe, stabilne formy finansowania nie wpłyną negatywnie na uczestników programu. Trwają dialogi z organizacjami pozarządowymi i Bankiem Światowym w celu poprawy efektywności programu, przy rozważeniu różnych scenariuszy naprawy programu i stałego finansowania. Nowe źródła finansowania nie wprowadzą zmian dla uczestników programu "Czyste Powietrze".